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真菌毒素是真菌在食品或飼料里生長所產生的代謝產物，對人類和動物都有害。真菌毒素造成中毒的最早記載是11世紀歐洲的麥角中毒，這種中毒的臨床癥狀曾在中世紀的圣像畫中描述過。

由于麥角菌的菌核中會形成有毒的生物堿，所以這種疾病至今仍稱為麥角中毒。急性麥角中毒的癥狀是產生幻覺和肌肉痙攣，進而發展為四肢動脈的持續性變窄而發生壞死。

當時已經知道，吃了用發霉的糧食做的面包會生病。這一廣泛流行的中毒現象，在歐洲先被稱為“靈火”，后來又稱為圣安東尼之火。造成較大社會影響的真菌毒素中毒事件有1913年俄羅斯東西伯利亞的食物中毒造成的白細胞缺乏病，1952年美國佐治亞州發生的動物急性致死性肝炎和1960年英國發生的火雞X病。我國50年代發生的馬和牛的霉玉米中毒和甘薯黑斑病中毒、長江流域的赤霉病中毒、華南的霉甘蔗中毒等。真菌及其毒素與癌癥的發生有密切的關系。癌癥的高發地區與食物中帶染真菌和存在真菌毒素有關。